主角Literature是前作中六位主角所选中的人，是要作为文 科世界的领导者，以神的容器的身份，在选择了适当的神的 心灵与其配合后君临新的世界，管理好新的大陆。
但是很遗憾的是在容器的调和过程中，他的心被完全粉碎， 身体成为了空壳，在Exam的爆发下，仪式以巨大的爆炸而告 终，6位战士被封印，世界在爆炸中陷入混乱，除了最初要以 神之国度的身份而上浮的语文之国，其他国家都受到了巨大 的摧残。
主角在爆炸中，因为失去了“心”，所以忘记了自己的一切 ，只知道Exam这个词，漫无目的的一个人旅行了3天3夜后遇 到了女主角Geography，女主角救了男主角之后，男主角醒来 ，但因为什么都想不起来，所以也没办法知道男主角的身世 。便仅仅给予了他：艾克斯·怀兹（X·YX）的名字。
但是因为男主角的潜意识的引导，他的身体中还存留有6位战 士留给他的信息，要夺回自己的心，就必须打败封印着他心 得碎片的7位守护者。
守护者是创世神直接给予能力的拥有强烈性格的人们所得到 的能力，分别代表了人间七种罪恶
6位战士的信息只有非常短暂的一些：七罪、守护者、3+x。

主角便分别来到数学、英语、物理、化学、地理、政治、历 史七个地方，寻找着守护者。路途中也遇到了许多出生入死 的朋友

但是守护者虽然代表着罪恶，但实际上每个人都是非常善良 的人。在与他们接触的过程中，渐渐的互相都有了信任。但 是因为主角心灵碎片就在附近的影响，主角的记忆实际上在 慢慢的恢复，身为容器的行动，主角一次次不得不与守护者 们战斗。甚至他们当中有主角曾经的最重要的人。

而与守护者们的战斗之后，他们所管理的地方便开始出现了 更严重的崩溃现象，主角也意识到，如果自己不尽快夺回自 己的心灵，结局就是整个大陆重新回归混沌。

在7颗心的碎片都得到了之后，主角沿着6位战士的指引，来 到空中的国度——语文，打败了封印6位战士的12神将。

6位战士的封印被接触，心灵的碎片也都收集完成，剩下的就 是将心灵与容器重新合并，但是这样的结局就是主角将会成 为神，并且忘掉与同伴们发生的一切。

此刻靠玩家选择是如何进行

1.去打败创世神，分散他的力量，使大陆恢复原状，主角因 为是创世神的分身，所以也和恢复原状的大陆一起，变成了 光，但他没有忘记自己和同伴们的一切。大陆变成了没有神 存在的新世界

2.成为神，创世神隐退，把一切交给了主角，6位战士成为守 护大陆的神将。但主角忘记了和同伴们的一切，世界还是那 样的运转着，但因为新的神的到来，百姓安居乐业……